Con Lourdes emprendió Zola la escritura de la trilogía Las tres ciudades, trabajo que abordó como un descanso en la producción de la serie Los Rougon-Macquart. En las tres novelas que la componen, presenta la lucha entre el progreso y el oscurantismo, entre la razón y el misticismo, en resumen, entre el siglo XIX que concluía y el XX que se anunciaba ya en el horizonte; y lo hace a través de la figura del abate Pierre Froment, un religioso infectado por la racionalidad de su tiempo, que acabará por matar su fe.El tortuoso camino que al abate Froment recorre a lo largo de las tres novelas tiene su origen precisamente en Lourdes. En ella acompañamos al protagonista en una peregrinación al santuario francés, a la que acude como acompañante de una joven impedida, amiga (y amor) de su infancia. Pero a Lourdes llega ya Pierre acometido por la duda entre su fe y su razón, aunque espera que el fervor de los peregrinos y los hechos milagrosos inclinen la balanza en favor de la religión.
La dicotomía que desgarra a Pierre tiene su origen en su infancia: huérfano a corta edad de un prestigioso científico, su madre le inclinó hacia el mundo eclesiástico a modo de compensación por el abandono de la religión practicado por su padre y su hermano mayor (también científico y que aparecerá más tarde en París, la última novela de la trilogía). Pero tras la muerte de su madre, el abate Froment dedicará largas horas al estudio de la biblioteca de su padre, donde su intelecto es alumbrado por una nueva luz. Los avances de la ciencia a lo largo del siglo XIX se oponen radicalmente a los dogmas y creencias que le han inculcado en el seminario.
En ese atribulado estado de ánimo, Pierre Froment se embarca en un tren lleno de enfermos hacia Lourdes, donde pasará tres días. Zola vuelca así en el libro su propia experiencia durante la peregrinación nacional de 1892 —germen de esta novela—, donde tuvo ocasión de conocer de primera mano el santuario y la organización de las peregrinaciones. Y se aplica en las descripciones de la gruta y la basílica, de las hordas de peregrinos que recorren una ciudad crecida al amparo del milagro, de los enfermos dolientes que arrastran sus cuerpos atormentados en un supremo acto de fe. Sólo en Zola es posible encontrar esa capacidad descriptiva, prolija y reiterativa, que dibuja ante los ojos del lector la imagen o la impresión exacta de lo que el autor quiso plasmar.
Sin embargo, este espectáculo desagrada al abate Froment: de un lado, su razón despierta comprende la falsedad de unas curas que son explicables mediante la ciencia; a la vez que abomina de la idea de esperar que un milagro salve a quienes la ciencia ha desahuciado. Junto a esto, le repele la idea de una Iglesia que se dedica a comerciar con las creencias y las esperanzas de sus fieles. Perdido el espíritu sencillo de la joven pastora que vio a la Virgen en una cueva, Lourdes se ha convertido, en manos de los eclesiásticos, en un enorme parque de atracciones.
Esa idea de la venalidad de la Iglesia la desarrollará Zola con detenimiento en Roma, segunda novela de la trilogía. Mientras, en Lourdes empieza a esbozar el choque entre lo pasado y lo futuro, y prefigura ya la aplastante victoria de la ciencia que ha alumbrado a un nuevo hombre más libre, más solidario, más independiente. En Lourdes inicia Pierre Froment el viaje que, a lo largo de las tres novelas, le llevará a convertirse en ese nuevo hombre.
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